Tiền thân của Trung tâm Đăng kiểm phương tiện giao thông vận tải Bắc Ninh là Trạm Đăng kiểm xe cơ giới số II Hà Bắc, có địa chỉ tại Đồi Điều Sơn, Phường Thị Cầu, TP Bắc Ninh, tỉnh Bắc Ninh.

 Năm 1997, năm tái lập tỉnh Bắc Ninh, Trạm Đăng kiểm xe cơ giới số II Hà Bắc được đổi tên thành Trạm Đăng kiểm phương tiện cơ giới đường bộ Bắc Ninh, trụ sở chuyển đến đường Lý Thường Kiệt, Khu 7, Thị Cầu, TP Bắc Ninh với 01 dây chuyền kiểm định.

Năm 2002, Sở Giao thông vận tải Bắc Ninh giao thêm nhiệm vụ đào tạo lái xe mô tô hạng A1 cho Trung tâm để phục vụ nhu cầu của nhân dân. Trong những năm từ 2002 đến năm 2004 đơn vị đã thực hiện tốt công tác đào tạo lái xe mô tô hạng A1.

 Ngày 01 tháng 05 năm 2004, thực hiện sự chỉ đạo của UBND tỉnh Bắc Ninh và Sở Giao thông vận tải Bắc Ninh, Trung tâm chuyển giao nhiệm vụ đào tạo lái xe hạng A1 cho Trung tâm đào tạo lái xe cơ giới đường bộ Bắc Ninh.

Năm 2007, thực hiện Quyết định số 445/QĐ-UBND ngày 03/4/2007 của UBND tỉnh Bắc Ninh về việc hợp nhất Trung tâm Đăng kiểm phương tiện cơ giới đường bộ Bắc Ninh và Ban Đăng kiểm thuỷ Bắc Ninh thành Trung tâm Đăng kiểm phương tiện giao thông vận tải Bắc Ninh. Trung tâm được giao thêm nhiệm vụ kiểm định và cấp Giấy chứng nhận an toàn kỹ thuật và bảo vệ môi trường cho các phương tiện thuỷ nội địa theo phân cấp của Bộ Giao thông vận tải.